Rakentamon virallisena perustamisvuotena voi pitää vuotta 1954, jolloin valmistuivat Meilahden kirkon tanskalaisen urkujen uudistusliikkeen hengessä rakennetut väliaikaiset urut. Rakentamon perustaja kanttoriurkuri Veikko Virtanen aloitti mekaanisten urkujen rakennuksen uudelleen Suomessa ja hänen elämäntyöstä muodostui olennainen osa suomalaista urkujenuudistusliikkeen ydintä.

Ensimmäisten vuosikymmenten soittimet olivat neobarokkiurkuja.  Vähitellen, yleisen muutoksen mukana, rakentamo siirtyi rakentamaan universaaliurkuja.  1970- ja 80 lukujen aikana rakentamo rakensi useita merkittäviä tämän tyylisiä soittimia. Rakentamon opuslistalla on useita paljon soitettuja ja arvostettuja urkuja kuten Porvoon ja Turun Tuomiokirkon urut ja Lahden Ristinkirkon urut.  Tähän päivään mennessä Virtasella on rakennettu kaiken kaikkiaan 168 soitinta.

Perheyrityksenä syntyneen Urkurakentamo Veikko Virtanen Ky:n historiassa tapahtui merkittävä muutos vuonna 1986, jolloin Suomen Kirkon Sisälähetysseurasta tuli yrityksen uusi omistaja. Veikko Virtanen siirtyi muodollisesti eläkkeelle vuonna 1988. Hänen jälkeensä rakentamoa johti Ossi Viitala vuoteen 2001.  Viitalan jäätyä eläkkeelle Virtasen urkurakentamo oli aivan uudenlaisten haasteiden edessä. Urkujenrakennuksen taso Suomessa oli noussut ja eurooppalaisesta kilpailusta oli tullut osa arkipäivää. Se osaaminen, jolla aiempina vuosikymmeninä oli noustu Suomen johtavaksi urkurakentamoksi, ei enää riittänyt. Veikko Virtanen oli hakenut urkurakennusoppinsa Tanskasta ja jälleen oli tullut aika kääntää katseet Eurooppaan ja vanhoihin urkujenrakennusperinteisiin. Vuonna 2001, saksassa urkujen rakentajaksi valmistunut, Heikki Autio otti vastuun urkujen rakentamisesta ja Juha Virtanen nimitettiin taiteelliseksi johtajaksi.